U-Bahnen gibt es in Tokyo, Osaka, Kyoto, Nagoya, Yokohama und Sapporo.
Die JR-Yamanote Bahn in Tokyo und die JR-Kanjo-Bahn in Osaka sind Ringbahnen um die Zentren der beiden Städte.
Fahrkarten für die U-Bahnen und die Nahverkehrszüge werden gewöhnlich aus Automaten gezogen, die an den Bahneingängen aufgestellt sind. Die Fahrkarten müssen bis zum Verlassen des Bahnhofs aufbewahrt werden, da sie am Ausgang des Bahnhofs abgegeben werden müssen. Preisgünstige Tageskarten für den innerstädtischen Nahverkehr in Tokyo und Osaka werden angeboten.
